El Hospital fue fundado por un grupo de caballeros, el 16 de octubre de 1872, Don Vicente Gómez, Don Benjamín Izasa y el Dr. Florencio Briceño, iniciaron la formación de una Junta Directiva con el nombre de San Vicente de Paul, con tal propósito.  La primera sede del Hospital funciono durante cuatro años en la calle 11 con cra 8, Ladera de Santa Barbara, la segunda sede tuvo lugar en la carrera 11 sur – vía a la población de Iza, Puente pesca y el Molino Sugamuxi, entre 1874 y 1969. En octubre de 1874 se inicio la construcción del edificio del Hospital y en enero de 1876 se trasladaron allí el grupo médico y los pacientes a partir de entonces comienza a funcionar con el nombre de Hospital San José de Sogamoso, este nombre es dado por sus benefactores José María del Castillo y Vargas y su esposa doña Rafaela Lasprilla del Castillo. El Hospital estuvo desde 1880 al cuidado de religiosas de la comunidad de la presentación. En 1945 por escritura pública N. 381 del 28 de junio, la sociedad de San Vicente entregó al departamento de Boyacá todos los bienes del Hospital, con el compromiso de que el departamento le construyera al Hospital un adecuado edificio,  pero no cumplió. Los bienes fueron reintegrados en 1952 por escritura pública N. 1190 del 6 de octubre.

La tercera y definitiva sede esta ubicada en la calle 8 con 11, esta se debe única y exclusivamente al Ministerio de Salud y al Fondo nacional Hospitalario. El 6 de septiembre de 1960, se protocolizó se protocolizo el hecho el hecho de que el Hospital San José de Sogamoso, era obra en construcción, se descubrió una placa de quienes estaban interviniendo en la obra. La construcción del Hospital contó con la simpatía de los Ministros de Salud desde 1957 hasta 1968, así la construcción fue desarrollándose sin pausas, pero lentamente, acorde con las modestas partidas del Ministerio de Salud.

En el año de 1969, bajo el gobierno del eximio presidente Carlos Lleras Restrepo y con el patrocinio del Fondo Nacional Hospitalario, se terminó la construcción y se dotó el Hospital San José de Sogamoso, posteriormente el Hospital San José, se convirtió en entidad estatal del sector la salud cambiando su nombre por Hospital Regional de Sogamoso Empresa Social del Estado, como una IPS (Institución Prestadora de Servicios) pública naturaleza definiendo su naturaleza Jurídica mediante la ordenanza N. 028 del 17 de Agosto de 1999.

En la Actualidad su ámbito de competencia, corresponde a las provincias de Sugamuxi y la Libertad y es centro de referencia de los puestos de salud y hospitales de 21 municipios del área de influencia.